Afin de prendre les mesures nécessaires à la survie des espèces, les gestionnaires ont besoin de savoir dans quel état se trouve chaque population. Pour cela, il est indispensable de connaître la biologie des espèces et leur évolution sur leurs territoires, ainsi que les causes de mortalités.

Certains migrateurs amphihalins sont mieux connus que d'autres en Bretagne. En effet, l'anguille européenne et le saumon atlantique sont des espèces emblématiques qui sont inscrites dans l'histoire de la Bretagne. Les connaissances sur la répartition de ces espèces sont anciennes. En revanche, la répartition des différentes espèces d'aloses et de lamproies est beaucoup moins connue. A tel point que nous ne savons pas quels cours d'eau sont fréquentés par l'alose feinte et la lamproie fluviatile.

Des éléments de connaissance sont constamment en cours d'acquisition. Trois thèmes sont étudiés : la dynamique des espèces, la répartition des espèces sur les différents cours d'eau et l'évolution de leur abondance.

Dynamique des populations

Afin de savoir quels sont les facteurs qui font évoluer les espèces, il est nécessaire d'étudier l'influence de chaque paramètre. Les conditions de vie et les relations entre les espèces font varier les effectifs observés dans les cours d'eau.

Répartition des migrateurs sur les différents bassins versants

La répartition des saumons et des anguilles est connue en Bretagne, mais elle peut fluctuer en fonction de l'implantation d'obstacles infranchissables ou de leur effacement. En revanche, celle des aloses et des lamproies est moins connue. En outre, la distinction entre les deux espèces d'aloses et les deux espèces de lamproies demande d'observer des détails anatomiques et nécessite donc une certaine pratique.

Des inventaires sont réalisés afin de connaître la présence des aloses et des lamproies :

  • Inventaire des frayères de lamproies marines
  • Réalisation d'indices ammocètes
  • Inventaire de bulls d'aloses

Évolution de l'abondance de ces espèces au fil du temps

Des suivis sont réalisés afin d'évaluer l'évolution des migrateurs amphihalins en Bretagne :

  • Suivis annuels de la reproduction des saumons atlantiques
  • Suivis annuels du stock d'anguilles jaunes
  • Suivis annuels des flux de migration dans les stations de comptage

Ces études et suivis sont réalisés dans le cadre du volet "Poissons migrateurs" 2015-2021.

Dynamique des populations

Pour prendre les mesures de gestion adéquates, il est primordial de bien connaître le rythme de vie de chaque espèce ainsi que les facteurs qui influencent leur évolution. Il s'agit de suivre la dynamique de la population.

Certaines populations sont étudiées dans le détail depuis plusieurs années en Bretagne. Les populations de saumon sont étudiées sur le Scorff par l'INRA et la Fédération de pêche du Morbihan, les populations d'anguille sur le Frémur par le MNHN en partenariat avec FishPass et COEUR Emeraude et sur la Vilaine par l'IAV.

Certaines étapes des cycles de vie sont étudiées plus précisément. Pour illustrer l'intérêt que présentent ces études, citons deux exemples :

  •  Une étude menée sur la Vilaine (Briand et al., 2005) a mis en évidence que les civelles ne commencent à nager activement que lorsque la température de l'eau atteint 12°C. Ceci explique en partie pourquoi elles stagnent dans l'estuaire.
  • Des études menées par l'INRA ont montré que la survie des œufs de saumon atlantique dépend de plusieurs facteurs du milieu dont le taux d'oxygène intragravellaire et la température.

Les études scientifiques permettent d'adapter les mesures de gestion aux caractéristiques spécifiques des migrateurs amphihalins.

Répartition

Au total, 9 espèces de migrateurs amphihalins fréquentent les cours d'eau bretons

La Bretagne est riche d'un patrimoine naturel rare concernant les grands migrateurs. Leur répartition historique en Bretagne est fondée sur un habitat favorable aux conditions de vie de ces espèces. Toutefois, cette répartition a évolué aux cours du siècle dernier en raison de l'aménagement d'obstacles sur leur trajet vers les zones amont.

Les migrateurs amphihalins présents en Bretagne sont :

  •  Le saumon atlantique
  • L'anguille européenne
  • La truite de mer
  • La grande alose
  • L'alose feinte
  •  La lamproie marine
  • La lamproie fluviatile
  • Le flet
  • Le mulet porc

L'évolution de leur répartition dépend d'une part de l'accessibilité vers les zones amont recherchées ainsi que des modifications des déplacements des grands migrateurs en mer. En effet, la répartition des migrateurs en mer évolue également pour diverses raisons (changement des courants marins, changement de la production primaire, etc.).

La présence d'obstacles sur les cours d'eau constitue un facteur limitant de la répartition des espèces. En effet, les milieux naturels acceptent des densités maximales qui varient en fonction de la disponibilité en abris, en nourriture, en zones de reproduction. En effaçant des obstacles, les surfaces accessibles augmentent et un plus grand nombre de poissons trouvent l'espace suffisant à leur croissance. Ce qui contribue à l'augmentation des effectifs de migrateurs et par conséquent à leur sauvegarde.

La carte ci-dessous illustre la répartition des migrateurs amphihalins en Bretagne compte tenu de l'accessibilité.

Aire de rrépartition des migrateurs en Bretagne

Répartition des migrateurs amphihalins en Bretagne (Les informations sur la répartition de la truite de mer ne sont pas suffisamment homogènes pour être représentées sur cette carte)

La répartition des saumons et des anguilles est connue en Bretagne, mais elle peut fluctuer en fonction de l'implantation d'obstacles infranchissables ou de leur effacement. En revanche, celle des aloses et des lamproies est moins connue. En outre, la distinction entre les deux espèces d'aloses et les deux espèces de lamproies demande d'observer des détails anatomiques et nécessite donc une certaine pratique. Des suivis sont mis au point au fur et à mesure de l'avancée des connaissances. Des indices ammocètes sont par exemple réalisés depuis peu. Des comptages de bulls d'aloses et de frayères de lamproies marines sont également réalisés afin de préciser l'existence de la reproduction de ces espèces.

Abondance

Mieux connaître les stocks pour mieux les gérer

Différentes méthodes permettent d'obtenir des informations sur les flux de migration des amphihalins et sur l'évolution des populations. Des vidéo comptages, des piégeages et des pêches électriques sont réalisés tous les ans dans cet objectif. Ils ont lieu en eau douce.

Depuis le début des années 1990, des suivis sont réalisés afin d'évaluer les stocks et de suivre leur évolution. Ainsi, l'aménagement de stations de comptage sur des barrages dès 1990 fournit aujourd'hui une chronologie de près de 20 ans sur les flux de migration. De même, des pêches d'indices d'abondance de juvéniles de saumons réalisées depuis 1997 pour la plupart des stations permettent de caractériser la reproduction chaque année et d'ajuster le total autorisé de capture de géniteurs sur les bassins versants où il se reproduit. Des pêches électriques spécifiques pour les anguilles sont également réalisées afin de mieux évaluer le stock d'anguilles jaunes présent sur le milieu continental.

On distingue donc 3 types de suivis :

  • des suivis toutes espèces dans les stations de contrôle
  • des suivis spécifiques de l'anguille européenne
  • des suivis spécifiques du saumon atlantique

D'autres suivis tels que des comptages de frayères (lamproies et saumons) et de bulls d'aloses sont réalisés par ailleurs. Ces suivis fournissent des informations sur l'activité de frai de l'espèce ciblée (localisation et période) ainsi que sur l'accessibilité aux zones de reproduction. L'accès aux zones de reproduction étant dépendante à la fois des conditions hydrologiques et de l'influence des barrages (retard, blocage) sur les déplacements des poissons d'aval en amont. Ils nécessitent toutefois d'importants moyens de mise en œuvre. Il est en effet nécessaire, pour le comptage des frayères, de répéter les passages sur les zones potentielles de reproduction préalablement repérées, et de parcourir ces zones entièrement ou pour le comptage des bulls d'aloses, de suivre l'activité de reproduction toutes les nuits sur toute la période de frai. Les moyens humains sont donc importants pour un résultat qui n'est pas reproductible systématiquement tous les ans. De manière ponctuel, ces suivis permettent de préciser la répartition des sites de reproduction.

Suivi des flux de migration des populations entre la mer et les eaux douces

station comptage MaJ2023

Localisation des 14 stations de contrôle des migrations en Bretagne(Source : BGM, 2023)

Les déplacements des migrateurs amphihalins sont observés au niveau des barrages. Des systèmes de comptage sont installés afin de suivre les flux de migration. Il s'agit de stations de contrôle des migrateurs: on en compte 14 en Bretagne. Elles permettent d'estimer les quantités de migrateurs en montaison et en dévalaison sur 10 bassins versants.

En plus des effectifs de chaque espèce, les suivis dans les stations de contrôle permettent d'obtenir les données suivantes par espèce :

Information collectée
Vidéo comptage
Piégeage
Date et heure de passage Oui Oui
Sens de migration Oui Oui
Identification du genre Oui Oui
Identification de l'espèce

Oui, sauf aloses et lamproies / des difficultés entre les truites fario et les truites de mer

Oui
Taille Oui Oui
Ablation de l'adipeuse (cas des Salmonidés) Oui Oui
Lecture des marques internes (type PitTag) Non Oui
Identification du stade * Oui (d'après la taille) Oui (d'après la robe)
Identification du sexe Non, sauf dimorphisme du bécard Oui
Identification de l'âge d'après lecture d'écaille Non Oui

Identification de l'individu (cas des individus marqués individuellement)

Non Oui
Pathologie, parasite externe, malformation, etc. Non Oui

* L'identification du stade de développement est plus sûre lors d'une manipulation de piégeage qu'en vidéo car la vidéo ne permet pas de voir la robe du poisson. De même, les stades de smoltification et d'argenture ne sont pas différenciables à la vidéo. La taille de l'individu, le sens de migration et la période de migration sont toutefois des informations généralement suffisantes pour déterminer le stade.

En comparaison du vidéo comptage, les systèmes de piégeage permettent d'obtenir 2 types d'informations supplémentaires :

  • Informations individuelles sur les Salmonidés dans le cadre de suivis scientifiques particuliers
  • Détermination des espèces possible : distinction alose feinte / grande alose et lamproie marine / lamproie fluviatile
  • Une meilleure précision de la mesure de la taille. Selon l'étalonnage de la vidéo et les contraintes techniques (taille de la vitre, espace entre la vitre et la caméra, etc.), la taille des poissons observés en vidéo-comptage peut en effet être moins précise.

En revanche, le piégeage demande plus de main d'œuvre. Ces 2 méthodes de suivi des flux de migrations sont donc utilisées dans des objectifs différents.

De nombreux suivis des populations peuvent être réalisés grâce à ces données. Ils permettent non seulement de mieux connaître les espèces, mais aussi de suivre leur évolution : quantité de géniteurs, quantité de jeunes, périodes de migration, taille des individus, proportion de poissons issus d'élevage, etc. Autant d'informations qui serviront ensuite pour prendre les mesures nécessaires à leur sauvegarde.

Accéder aux suivis des migrations aux stations de vidéocomptage

Accéder aux suivis du recrutement fluvial aux passes-pièges à anguille

Suivi par pêche électrique de la population de saumon atlantique

Les pêches d'indice d'abondance sont réalisées aux mêmes endroits chaque année. Ce qui permet des comparaisons inter annuelles de la reproduction. Les secteurs échantillonnés sont les zones courantes bien oxygénées des têtes de bassin versant. Ces habitats aquatiques de faciès courant ont été décrits comme les milieux recherchés par les géniteurs pour l'aménagement de leurs frayères car ils assurent une survie optimale des œufs et constituent les habitats propices à la croissance des jeunes.

Des études ont permis d'établir une relation entre la surface d'eau courante et la quantité de tacons qui l'occupe. Les saumons étant territoriaux dès leur émergence de la frayère, ils ont besoin d'une surface minimale pour leur croissance. La densité est évaluée à 48 tacons de moins d'un an pour 100m² de zone courante (radier-rapide) (donnée du Scorff entre 1975 et 1983, dans Prévost & Baglinière, 1993). 

 Cartographie des habitats de sauons en Bretagne  Ces surfaces potentielles ont été cartographiées à l'échelle de la Bretagne selon un protocole standardisé.

Ces surfaces sont exprimées en m² par bassin versant. Elles correspondent à la somme des surfaces de radiers, de rapides et de 1/5 de la surface des plats (Porcher & Prévost, 1996).

L'utilisation d'un matériel portatif de pêche électrique présente plusieurs avantages :

  • un coût moindre (en comparaison du matériel de pêche à l'électricité nécessitant un groupe électrogène et des câbles électriques déroulés parfois sur de grandes distances, augmentant par ailleurs le risque d'accident),
  • un accès facilité dans des endroits encombrés,
  • un nombre limité d'opérateurs,
  • une bonne efficacité sur les salmonidés,
  • un risque faible de mortalité sur les poissons.

Le protocole utilisé en Bretagne par les FDAAPPMA est le même que celui qu'utilise l'INRA dans le cadre de ses différents suivis des populations de saumon en France. Il s'agit de la méthode des indices d'abondance de saumon (E. Prévost & J.L. Baglinière, 1993). Elle est utilisée chaque année pour évaluer l'abondance des tacons dans les cours d'eau bretons et fournit des informations sur la réussite annuelle de la reproduction sur les bassins versants colonisés par le saumon atlantique.

Les suivis d'indices d'abondance de Saumon permettent d'obtenir de nombreuses informations sur cette espèce :

  • Date
  • Effectif de juvéniles de saumons capturé en 5 minutes sur les habitats de croissance
  • Taille individuelle (longueur à la fourche en mm)
  • Renseignements sur les conditions de pêche et sur la station (tendance du débit, turbidité, ombrage, colmatage, conditions hydrologiques, granulométrie, autres espèces présentes)

Le suivi de la reproduction annuelle du saumon atlantique a débuté en 1997 en Bretagne. 7 bassins étaient intialement échantillonnés selon cette méthode. Depuis 2012, 23 bassins versants sont suivis avec ce protocole en Bretagne (252 stations).

Chaque station fait l'objet d'un échantillonnage de la population de jeunes saumons par une méthode standardisée identique depuis le début du suivi. Cet ensemble de prospections constitue un réseau d'échantillonnage de juvéniles de saumons. Les courbes d'évolution interannuelle des effectifs de juvéniles ainsi obtenues permettent de caractériser la reproduction annuelle.

IAsaumon 2012 localisation station

Localisation des 245 stations d'indices d'abondance Saumon en Bretagne (Source : BGM, 2012)

La production de juvéniles de saumons de chaque bassin versant est ensuite évaluée grâce à la cartographie des habitats favorables à leur croissance. Cette cartographie fournit en effet la surface accessible des habitats favorables à la croissance des jeunes. Des calculs sont réalisés par la suite en fonction des taux de survie en eau douce et en mer afin de fixer le nombre maximal de géniteurs de saumons prélevable par les pêcheurs sur chaque bassin versant. Ceci permet en outre d'évaluer la contribution de chaque bassin versant dans la production de saumons en Bretagne.

Accéder à l'estimation des zones favorables à la croissance des juvéniles de saumons

Télécharger la présentation et les premiers éléments de mise au point d'une méthode simple d'évaluation du recrutement en juvéniles de saumon atlantique de l'année en eau courante (Prévost & Baglinière, 1993)

Télécharger le protocole des indices d'abondance de juvéniles de saumons

Télécharger la présentation sur les suivis réalisés dans le Finistère pour le saumon atlantique : les indices d'abondance de juvéniles de saumon (Colloque "Quel avenir pour nos poissons migrateurs ?", N. Bourré, 2012)

Lire l'actualité (septembre 2016) Le suivi des populations de saumons sur les cours d'eau bretons

Télécharger la bibliographie sur le saumon atlantique (D. Le Brech, FDPPMA 35, 2009)

Suivi par pêche électrique de la population d'anguilles

Le stade anguille jaune, le plus long stade de la vie de l'anguille, constitue le stock en milieu continental. En effet, les juvéniles (larves et civelles) et les géniteurs sont des phases migrantes tandis que l'anguille se sédentarise plusieurs années avant sa maturité sexuelle. On ne connaît pas la part d'anguilles qui choisissent de s'établir en milieu marin (estuaire et littoral). Il n'est donc pas aisé d'évaluer le stock réel d'anguilles sédentaires. En revanche, pour celles qui vivent en eau douce, plusieurs suivis sont réalisés. Ces suivis fournissent des renseignements sur :

  • Les quantités d'anguilles dans les cours d'eau : présence / absence, évolution des densités (nombre d'individus/m²),
  • La composition par tranche d'âge : population jeune ou vieillissante,
  • La localisation du front de colonisation : point de blocage de la migration des jeunes vers l'amont, situé essentiellement au niveau des barrages,
  • L'état de santé des individus : révélé par la taille, le poids et l'état sanitaire des individus

Les anguilles jaunes constituent un stock composé d'individus de tous âges. Parmi les anguilles jaunes, on distingue des jeunes individus en phase de colonisation des eaux douces, des individus sédentarisés en phase de grossissement et des individus qui se métamorphosent pour leur retour en mer. La pêche à l'électricité est le moyen utilisé pour suivre l'état du stock.

Plusieurs méthodes permettent d'analyser la population d'anguilles qui vivent dans les cours d'eau. Dans tous les cas, il s'agit de pêches à l'électricité, moyen utilisé en eau douce pour échantillonner les peuplements de poissons. Cette méthode d'échantillonnage, bien qu'étant la moins nocive et la moins traumatisante pour les poissons est toutefois à utiliser avec modération et avec beaucoup de précautions que ce soit pour les manipulateurs et pour les poissons. Rappelons également que les poissons capturés à l'aide de pêches électriques sont manipulés avec beaucoup de soin et remis à l'eau vivants. 3 protocoles de pêches électriques permettent d'évaluer l'abondance des anguilles en eau douce :

  • des pêches d'indices d'abondance sur les quatre départements bretons et la Loire Atlantique (pratiquées par les FDPPMA),
  • des pêches par habitat sur le bassin de la Vilaine (pratiquées par l'EPTB Vilaine),
  • des pêches par faciès d'écoulement (lotique ou lentique) en plusieurs passages sur le bassin du Frémur (pratiquées par FishPass).

Ces deux dernières méthodes permettent de calculer des densités d'anguilles (nombre d'individus par unité de surface en eau). Répétées régulièrement au même endroit, elles constituent des chronologies permettant de suivre l'évolution de l'espèce.

Les pêches électriques permettent d'obtenir des informations précieuses sur l'évolution d'une population et sur son état de santé :

  • Les densitésLes effectifs d'anguilles dénombrées lors des pêches à l'électricité sont transformés en densités par unité de surface. Ces densités représentent l'information principale sur l'état du stock.
  • La composition de la population : Lorsque l'on souhaite connaître l'état d'une population, on étudie l'état des individus et notamment leur âge et leur état de santé. Une population équilibrée est composée de plusieurs classes d'âge avec une plus forte proportion de jeunes individus. Par ailleurs, la proportion d'individus présentant des pathologies ne doit pas être trop élevé au risque de mettre en péril le renouvellement des générations.
  • La structure d'âgeLes anguilles capturées lors des pêches à l'électricité sont toutes mesurées. La composition en tailles d'une population informe sur son devenir. En effet, une population composée uniquement d'anguilles de plus de 45 cm mettrait en évidence un déséquilibre de la pyramide des âges. Cette population serait vieillissante et amenée à disparaître si aucun jeune ne leur succédait.
  • Le poids n'est pas mesuré systématiquement lors des suivis. Les anguilles sont pesées dans le cadre d'études spécifiques où elles sont marquées individuellement. Dans ce cas, il est possible d'établir des courbes de croissance. La croissance varie selon les milieux ; elle peut atteindre 6-8cm par an dans des conditions optimales. Le plus souvent, elle est de l'ordre de 5,5 cm/an.
  • Le front de colonisation : Il s'agit de l'endroit le plus amont d'un cours d'eau où sont présentes les jeunes anguilles. La localisation de cet endroit fournit des informations sur la fluidité de la migration d'aval en amont.
  • L'état de santé : La santé des anguilles jaune est déterminante pour la survie à tous les stades et en particulier au stade des anguilles argentées car celles-ci doivent affronter des conditions de vie extrêmes en mer (pression, jeûne, température...).

Les informations recueillies lors de ces pêches électriques d'indices d'abondance cblant l'anguille sont :

  • Date
  • Taille (longueur en mm)
  • Aspect de la robe (information sur l'argenture)
  • Diamètres (horizontal et vertical) de l'œil et longueur des nageoires pectorales sont relevés dans certains suivis. Ces mesures permettent d'évaluer le degré d'argenture des anguilles.
  • Lecture des marques individuelles sur les bassins versants du Frémur et de la Vilaine
  • Renseignements sur les conditions de pêche et sur la station (hauteur d'eau, largeur en eau, % des faciès, habitats piscicoles, ripisylve, diversification des écoulements, colmatage, ombrage, végétation aquatique, tendance du débit, turbidité, conditions hydrologiques, ombrage, granulométrie, autres espèces présentes)
Les premières pêches d'indices d'abondance ont eu lieu en 2002 sur le bassin de l'Aulne. Elles étaient organisées par l'Université de Rennes 1 et ont permis d'affiner le protocole d'échantillonnage. Depuis 2002, près de 600 stations ont été prospectées sur plus de 20 fleuves afin de dresser un état des lieux de la situation de l'anguille en Bretagne.

 Carte de localisation des stations d'indices d'abondance anguille en Bretagne

Localisation des stations d'indices d'abondance en Bretagne (Source : FDPPMA, ONEMA, IAV, Université de Rennes 1)

Sur le bassin versant de la Vilaine, certaines stations sont suivies depuis 1998 par l'IAV. Sur 46 stations de pêche électrique prospectées sur ce bassin chaque année de 1998 à 2005 (BRIAND et al., 2006), une sélection de 19 stations situées sur 10 affluents ont été conservées à partir de 2007 et sont depuis prospectées tous les 1 à 2 ans (Analyse des tendances de stock d'anguilles jaunes du bassin versant de la Vilaine par pêche électrique, BRIAND, SAUVADET et ERIAU, 2018).

Un suivi de l'évolution des populations d'anguilles sur des bassins ayant déjà fait l'objet d'un état des lieux a été mis en place avec un retour tous les 3 à 5 ans. L'objectif est d'évaluer les actions de restauration de la continuité écologique et de suivre le front de colonisation de l'anguille. Le réseau est composé de 45 à 60 stations par département soit 15 échantillonnées chaque année. Ce suivi complète les suivis réalisés sur les bassins versants du Frémur et de la Vilaine.

En parallèle depuis 2013, un réseau de suivi du recrutement fluvial, dont l'objectif est d'évaluer le recrutement en jeunes anguilles, est échantillonné chaque année.

Les stations de contrôle et les stations d'indices d'abondance sont toutes géoréférencées. Toutes les données collectées dans le cadre de ces suivis sont bancarisées dans 2 bases de données au format défini par le SANDRE afin d'être intégrées dans le Système d'Information sur l'Eau (SIE). Ces données ont pour principal objectif de fournir des informations sur l'évolution des espèces. Les indicateurs de l'Observatoire des Poissons Migrateurs en Bretagne sont construits et mis à jour grâce à ces suivis.